Прежде чем применять булевы операции, убедитесь, что вся геометрия замкнута. Чтобы замкнуть любую из открытых частей, воспользуйтесь модификатором Cap Holes (Закрыть отверстия) или вручную постройте грани. Если вы не замкнете открытые области, метод, возможно, не будет работать или результаты будут не совсем такие, как вы ожидали.